Disegnare velocemente Primer con CLC…

A seconda del tipo di PCR che si deve fare (Real Time Pcr o no, da genomico o da plasmide) si devono costruire primer più o meno “accurati”. Se si deve fare una Pcr da genomico ad esempio bisogna stare attenti che i primer non vadano anche ad annilare in altri punti del genoma, oltre a quello di interesse…

Nel mio caso faccio molte PCR da plasmidi. In questo caso le coppie di basi non sono molte, quindi è altamente improbabile che primer lunghi 15-20 nucleotidi vadano ad annilare in più punti.

In questo caso disegnare dei primer è molto semplice…Ma troppe volte vedo persone che disegnano su carta i primer, sia forward che reverse (perdendo tempo e rischiando di fare errori).

La cosa è molto più semplice con CLC Sequence Viewer:

• (Ovviamente) Importare la sequenza del gene su cui fare la PCR in CLC Sequence Viewer
• Selezionare lo spaziamento ogni 3 nucleotidi scegliendo il frame appropiato (Potete anche salvare questa opzione in modo da non selezionarla ogni volta).

• Selezionare i 15-20 nucleotidi che formeranno il primer FW (tenendo conto del frame e che devono terminare con una C o G), poi tasto dx -> Open Selection in new view
• Tasto dx sul primer appena creato -> Select Sequence, di nuovo tasto dx -> Edit. In questo modo potete modificare la sequenza, aggiungere codoni di start, enzimi di restrizione.
• Tornando sulla sequenza del gene selezionate il segmento che andrà a formare il primer Reverse. In questo caso non c’è bisogno di tenere conto del frame. Fate in modo che cominci con una G o una C (l’inizio che selezionate diventerà il 3′, quindi rappresenta la fine del primer). Al solito, fate tasto dx -> Open Selection in new view. Poi modificate il primer a vostro piacere aggiungendo codone di STOP o siti di restrizione.
• A questo punto nella toolbox “Reverse Complemente Sequence” e avrete il vostro primer Reverse pronto.

I primer possono essere copiati-incollati sul sito dove ordinate i primer (evitate errori di battitura), possono essere stampati o salvati in una cartella. Vi ricordo che se si deve fare una Pcr da genomico bisogna stare attenti che i primer non vadano anche ad annilare in altri punti del genoma, quindi questo metodo non va bene.

Spero però sia utile a qualcuno!!

Alla prossima…