Editor di sequenze: CLC Sequence Viewer

Un editor di sequenze è un programma in grado di manipolare con facilità sequenze nucleotidiche e proteiche. Il primo dei programmi che ho intenzione di presentarvi è CLC Sequence Viewer che è arrivato alla versione 5.1.1

Il programma è creato dalla CLC bio, che permette il download e l’utilizzo gratis, indubbiamente presenta una grafica molto curata, ed una facilità d’uso impressionante, adatto anche a chi non sa bene usare il computer.
Questo programma presenta tante limitazioni rispetto agli altri programmi (a pagamento) della CLC bio.
Le operazioni possibili sono (e le limitazioni relative sono):

• effettuare ricerche direttamente su NCBI, anche se a causa delle limitazioni non è possibile effettuare ricerche su altri database, bisogna comprare le altre versioni.

• creare allineamenti multipli e relativi alberi, con vari algoritmi: Clustal, T-coffe, ecc…

• varie operazioni con i nucleotidi: convertire Dna ↔ Rna, vedere filamento complementare di una sequenza, tradurla in proteina, Cercare ORF, ecc…

• Cercare enzimi di restrizione presenti in una sequenza ed elencarli in una lista.

Quando si effettua una ricerca su NCBI, o si importa una sequenza, CLC Sequence Viewer è in grado di leggere le annotazioni e visualizzarle graficamente, indicando ad esempio promotori, la sequenza codificante in un cDna, domini e così via…Una grossa limitazione che ho trovato è non poter modificare le annotazioni riguardanti le sequenze. Quindi non è possibile selezionare una serie di nucleotidi/amminoacidi e aggiungere un’annotazione ad esse (ad es. questo è un promotore, qui c’è un sito di fosforilazione, ecc). Questa forte limitazione (e il fatto che secondo me i programmi dovrebbero essere liberi) mi ha spinto a cercare un altro editor di testo.

Qui è presente l’elenco completo delle limitazioni, paragonate ai relativi software a pagamento.

Il programma è disponibile per Windows, Mac, Linux (sia file .rpm che .sh), ed è molto semplice da installare. Nel caso del file .sh per le distribuzioni Linux (tipo Ubuntu) basta fare tasto dx, proprietà -> permessi e spuntare la voce: “Consentire l’esecuzione del file come programma”. Fare doppio clic sul file .sh e cliccare su “Esegui” per avviare l’installazione.